Les fresques au-dessus de la galerie derrière le croisement dans la nef de l'église supérieure montrent le style immuable de Jacopo Torriti qui a été choisi par le pape Nicolas IV pour la décoration mosaïque des tribunes apsidales de San Giovanni Laterano (1291) et Santa Maria Maggiore (1296) à Rome. Les fresques d'Assise sont plus tôt que les mosaïques romaines, comme il est clair de leur approche plus ancienne de la représentation de l'espace. Le programme décoratif dans la nef se compose du cycle de fresques Légende de saint François peint par Giotto sous la galerie sur la partie inférieure du mur, et des épisodes de l'Ancien Testament au-dessus de la galerie dans le clerestoire sur le mur nord, et des épisodes du Nouveau Testament sur le mur sud. Certaines de ces scènes ainsi que la voûte avec la Deesis ont été peintes par Torriti et ses assistants. L'image montre la décoration sur le mur nord (à droite de l'entrée).